列的所有因子上的Wilcoxon矩阵

如何解决列的所有因子上的Wilcoxon矩阵

我有一个数据框，其中包含至少五个级别的VMethods列。 我想在VMethod的不同因素之间生成Wilcoxon和一个Kruskal矩阵。

数据框示例：

structure(list(error = c(3.6306,5.6414,5.2754,4.9065,4.5347,3.4018,6.0769,5.7142,2.7866,4.0094,5.4953,4.7581,5.5684,4.6093,6.7226,4.2352,4.0848,5.4221,6.0046,5.787,6.365,6.2211,4.8324,4.3103,3.8582,5.2018,6.2931,4.1601,5.8596,4.6838,5.0544,5.3488,5.1282,3.9339,4.9805,6.1491,3.6306,3.7066,6.5084,2.7091,5.9322,3.172,2.8639,3.5545,3.0952,3.7825,3.4782,3.3254,2.6315,4.46,4.3852,3.0182,2.2417,2.5538,3.2488,1.6116,2.085,2.9411,1.2135,6.4367,1.8488,2.476,1.9277,2.1634,4.3103),VMethod = structure(c(4L,4L,1L,3L,5L,2L,2L),.Label = c("test_bs","test_by","test_epb","test_ovn","test_ub"),class = "factor")),row.names = 2:501,class = "data.frame")

例如，我可以使用tidyr得到一个相关矩阵：

  levels(test$VMethod)
  test <- test %>% 
    group_by(VMethod) %>% 
    mutate(grouped_id = row_number())
  test <- spread(test,VMethod,error)
  # For correlation table
  cor(test[,-1],use="pairwise.complete.obs")

输出：

┌──────────┬──────────────┬─────────────┬──────────────┬─────────────┬─────────────┐
│          │   test_bs    │   test_by   │   test_epb   │  test_ovn   │   test_ub   │
├──────────┼──────────────┼─────────────┼──────────────┼─────────────┼─────────────┤
│ test_bs  │  1.000000000 │  0.01858443 │ -0.006640928 │  0.13832687 │ -0.11471342 │
│ test_by  │  0.018584428 │  1.00000000 │ -0.126182155 │  0.02388832 │  0.13476503 │
│ test_epb │ -0.006640928 │ -0.12618215 │  1.000000000 │ -0.07941926 │ -0.04927660 │
│ test_ovn │  0.138326870 │  0.02388832 │ -0.079419261 │  1.00000000 │  0.01742074 │
│ test_ub  │ -0.114713416 │  0.13476503 │ -0.049276601 │  0.01742074 │  1.00000000 │
└──────────┴──────────────┴─────────────┴──────────────┴─────────────┴─────────────┘

如何生成Wilcoxon和Kruskal矩阵？

解决方法

尽管不是矩阵，但一个dplyr和purrr选项可以是：

map_dfr(.x = combn(unique(df$VMethod),2,simplify = FALSE),~ df %>%
         filter(VMethod %in% .x) %>%
         summarise(pair1 = .x[1],pair2 = .x[2],p_value = wilcox.test(error ~ VMethod)$p.value))

      pair1    pair2      p_value
1  test_ovn  test_bs 3.529168e-11
2  test_ovn test_epb 4.769740e-07
3  test_ovn  test_ub 3.621912e-07
4  test_ovn  test_by 1.570687e-08
5   test_bs test_epb 1.037952e-01
6   test_bs  test_ub 5.834015e-02
7   test_bs  test_by 2.691848e-01
8  test_epb  test_ub 8.920884e-01
9  test_epb  test_by 5.338900e-01
10  test_ub  test_by 4.128583e-01