如何解决解释似然性Watterson theta
我是第一次计算Watterson theta,我正在使用ANGSD。据我了解,该值可以为0到1。但是在ANGSD上,请使用运行它的可能性,这是我在一个bamfile上的Chr22上计算theta时得到的结果:
(indexStart,indexStop)(firstPos_withData,lastPos_withData)(WinStart,WinStop) Chr WinCenter tW tP tF tH tL Tajima fuf fud fayh zeng nSites
(0,32860927)(16050032,51244307)(0,51244307) 22 25622153 31780.907015 31780.907015 31780.907015 31780.907015 31780.907015 -nan -nan -nan -nan -nan 32860927
所以我感兴趣的是tW(theta Watterson)..但是这个值对我来说毫无意义。我认为我必须将其除以nSites,这将使我tW = 0.0009671336118。这样做有意义吗?
我还可以看到每个站点的结果都具有类似日志的大小:
#Chromo Pos Watterson Pairwise thetaSingleton thetaH thetaL
22 16050032 -7.634670 -7.634670 -7.634670 -7.634670 -7.634670
22 16050033 -7.634670 -7.634670 -7.634670 -7.634670 -7.634670
22 16050034 -7.634670 -7.634670 -7.634670 -7.634670 -7.634670
22 16050035 -7.634670 -7.634670 -7.634670 -7.634670 -7.634670
22 16050036 -7.634670 -7.634670 -7.634670 -7.634670 -7.634670
是否最好使用这些值来计算整体Wtheta?如果是,我是否仍应将总和除以网站总数?
很抱歉,您是该领域的新手。 非常感谢
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