如何解决利用临床参数和基因表达数据将基因表达聚类到R中特定的乳腺癌亚型
我有一组来自3种不同亚型的乳腺癌样品及其临床参数的1500个基因的基因表达值。我需要根据乳腺癌亚型对基因表达进行聚类,以找到每种乳腺癌亚型的独特基因。我曾经尝试过PCA和Kmeans,但无法解释子类型的名称。有什么方法可以做到这一点?预先感谢。解决方法
您正在寻找的是差异表达基因。如果您具有这三种亚型的表达数据,则可以使用差异表达分析工具(通常使用DESeq2和EdgeR)来获得在样品中差异表达的基因。通过分析,您可以了解差异表达的程度以及结果的统计可信度。
如果您还有一个对照样品,则可以从DEG列表中推断特定子类型中特定上调或下调的基因。
这是一个有用的参考,可帮助您进一步了解该理论以及差异表达分析的应用-Introduction to DGE
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