如何解决Rmarkdown编织为pdf提供了错误的绘图 ggplot2单独呈现正确的一个
我在此处附加的代码在编织时呈现了错误的绘图(“ Tk.wrong.png”,此处是第一个绘图)。但是,如果我将其作为标准R代码运行,则渲染的图将是正确的图(“ Tk.right.png”,第二个图)。我感到困惑。有什么提示吗?非常感谢。 最好, 戴维·R PS:Tk data.frame可以在这里下载。 https://mycore.core-cloud.net/index.php/s/OKF9dp1tWa0OR1g
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标题:“ Tukey情节帮助” 作者:“ DR” 日期:“ 16/10/2020” 输出:pdf_document
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
setwd("~/Documents/IPBS/JN/AB")
library(tidyverse)
input.data <- read.table("input.data.txt",header = TRUE,sep = "\t")
Tk <- rownames_to_column(as.data.frame(TukeyHSD(aov(Score_Avg ~ Manip * Traitement,data = input.data),"Traitement")$Traitement),var = "comp")
Tk$signif <- sapply(1:nrow(Tk),function (x) between(0,Tk$lwr[x],Tk$upr[x]))
Tk$comp <- as.factor(Tk$comp)
levels(Tk$comp) <- c("Genta-NT","3T-NT","G3T-NT","3T-Genta","G3T-Genta","G3T-3T")
ggplot(Tk,aes(x = diff,y = comp,colour = signif)) +
geom_point() +
geom_errorbar(aes(xmin = lwr,xmax = upr),width = .1) +
geom_vline(xintercept = 0,colour = "darkgreen") +
scale_colour_manual(values=c('darkred','darkblue')) +
theme_minimal() +
theme(axis.title.x = element_text(size = 20),axis.text.x = element_text(size = 15),legend.position = "none")
ggsave("Tk.wrong.png")
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