如何从情节中删除特定组，但情节在R中保持不变？

如何解决如何从情节中删除特定组，但情节在R中保持不变？

data('iris')
pca.irix <- PCA(iris[,1:4])
gg <- factoextra::fviz_pca_biplot(X = pca.irix,# samples
                             fill.ind = iris$Species,col.ind = 'black',pointshape = 21,pointsize = 1.5,geom.ind = 'point',repel = T,geom.var = FALSE )

我想获得一个与上面的图完全一样的图，但没有实物setosa。 我开始这样做，但不知道如何继续

setosa_wo <- iris %>% 
             filter(Species != 'setosa')

gg + scale_x_continuous(limits = c((-2),2)) + scale_y_continuous(limits = c((-2),2))

如何从图中删除有色组？但是情节应该保持不变。

解决方法

从图中删除一个或任意多个组的一种方法是过滤用于图层的数据，例如回顾gg$layers，您的PCA图由六层组成，但是只有在前两层中，这些组才用作填充颜色。因此，我只过滤了这两层的数据，从而得到了删除setosa的图。

编辑，按照 @DaveArmstrong 的建议，我添加了他的代码以将轴的范围固定在原始范围上，并另外添加了原始颜色

library(FactoMineR)
library(ggplot2)

pca.irix <- PCA(iris[,1:4])

gg <- factoextra::fviz_pca_biplot(X = pca.irix,# samples
                                  fill.ind = iris$Species,col.ind = 'black',pointshape = 21,pointsize = 1.5,geom.ind = 'point',repel = T,geom.var = FALSE )

# First: Get the ranges
yrg <- ggplot2::layer_scales(gg)$y$range$range
xrg <- ggplot2::layer_scales(gg)$x$range$range

# Filter the data
gg$layers[[1]]$data <- dplyr::filter(gg$layers[[1]]$data,Fill. != "setosa")
gg$layers[[2]]$data <- dplyr::filter(gg$layers[[2]]$data,Fill. != "setosa")

gg + 
  # Set the limits to the original ones
  ggplot2::coord_cartesian(xlim=xrg,ylim=yrg,expand=FALSE) +
  # Add orignial colors
  ggplot2::scale_fill_manual(values = scales::hue_pal()(3)[2:3])

^{由reprex package（v0.3.0）于2020-10-16创建}