我如何使用Islice从Fasta文件中切片确切数量的记录

如何解决我如何使用Islice从Fasta文件中切片确切数量的记录

我正在使用以下代码从DNA序列的fasta文件中更改fasta名称。我将序列数设置为原始fasta文件中的全部序列数，但输出始终较少。换句话说，如果我的原始fasta文件包含50个序列，尽管我将要分割的序列数设置为50，但生成的具有更改名称的fasta文件将只有49个。原始文件中包含100个序列时，最终文件仅包含98.我想念什么。

Package

我曾尝试将要切片的序列数增加1，以为这可能是索引问题，但不会改变。我在做什么错了？

示例输入类似于以下内容，但具有50条记录，而不是此处显示的10条记录：

from itertools import islice

infile = mydatadirpath + "ExportFastaFile.fasta"

records = SeqIO.parse(infile,"fasta")

FileToExportShortNamesTo = mydatadirpath + "ExportShortNamesFastaFile.fasta"


g = open(FileToExportShortNamesTo,"w+")

randnumseqs = 50

counter = 0

for record in islice(records,randnumseqs):
    Name = record.description
    counter = counter + 1
    Namer = ">" + str(Name)[0:1] + str(counter)
    seqstring = str(record.seq)
    
    g.write(Namer + "\n" + seqstring + "\n")

输出应该看起来像，但还是有50条记录，而不是显示的10条记录：

>EAAA1
AGCAGGAGCAACGTACCCTTACCAATTTAGTACGTATTCTTGTACTACTTGAGTTGTTTAATCATTCCTTCCT
>EAAA2
AGCAGGAGCAACGTACCCTTACCAATTTAGTACGTATTCTTTTACTACTTGAGTTGTTTAATCATTCCTTCCT
>EAAA3
AGCAGGAGCAACGTACCCTTACCAATTTAGTACGTATTCTTTTACTACTTGAGTTGTTTAATCATTCCTTCCT
>EAAA4
AGCAGGAGCAACGTACCCTTACCAATTTAGTACGTATTCTTTTACTACTTGAGTTGTTTAATCATTCCTTCCT
>EAAA5
AGCAGGAGCAACGTACCCTTACCAATTTAGTACGTATTCTTTTACTACTTGAGTTGTTTAATCATTCCTTCCT
>EAAA6
AGCAGGAGCAACGTACCCTTACCAATTTAGTACGTATTCTTTTACTACTTGAGTTGTTTAATCATTCCTTCCT
>EAAA7
AGCAGGAGCAACGTACCCTTACCAATTTAGTACGTATTCTTTTACTACTTGAGTTGTTTAATCATTCCTTCCT
>EAAA8
AGCAGGAGCAACGTACCCTTACCAATTTAGTACGTATTCTTTTACTACTTGAGTTGTTTAATCATTCCTTCCT
>EAAAE9
AGCAGGAGCAACGTACCCTTACCAATTTAGTACGTATTCTTTTACTACTTGAGTTGTTTAATCATTCCTTCCT
>EAAA10
AGCAGGAGCAACGTACCCTTACCAATTTAGTACGTATTCTTTTACTACTTGAGTTGTTTAATCATTCCTTCCT

解决方法

尝试将此Namer = ">" + str(Name)[0:1] + str(counter)切换为Namer = ">" + str(Name)[:1] + str(counter)

0使其始终在第一个元素之后开始

,

我知道了。我用作输入的文件是使用上一个单元格中的代码创建的。创建该文件后，我没有关闭该文件，因此没有EOF，因此我发布的代码未读取最终记录。我关闭了两个代码块之间的文件，它有50条记录，问题已解决。