如何解决提交队列时,CPU数量不足
我正在尝试将使用120个进程的作业提交到队列系统。在此群集中,每个节点有40个CPU,因此我要请求3个节点,每个节点上有40个进程。我的PBS脚本如下:
#!/bin/bash
#PBS -N phosphorene
#PBS -l nodes=3:ppn=40
#PBS -m abe
#PBS -q comm_small_day
NP=$(wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}')
echo "Total CPU count = $NP"
mpiexec gpaw python phosphorene.py
第一两行(在PBS命令之后)告诉我有多少个CPU。这些行的输出是
Total CPU count = 120
应有的。但是,gpaw-python任务仅在40个CPU上运行。
我什至尝试运行任务
mpiexec -n 120 gpaw python phosphorene.py
但是它告诉我没有足够的插槽。我正在使用openmpi版本3.1.4。
我不知道该怎么办。感谢您的帮助。
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