如何解决如何在R中绘制PLS-DA
在设法绘制PCA之后,我试图弄清楚如何在R中绘制PLS-DA以减小尺寸。我似乎找不到任何合适的教学材料。确实需要能够将它们绘制成类似于以下内容:
library(ggplot2)
library(mixOmics)
library(ggforce)
all_datanoT <- cbind(amino,sphingo,hexose,phospha,lyso,cleaned_xl_Kopie)
all_datawT <- cbind(aminotnos,cleaned_xl_Kopie)
rownames(all_datawT) <- sample_id$`Sample Identification`
alldata_naomit <-na.omit(all_datanoT)
all_datawTnaomit <-na.omit(all_datawT)
mypr <- prcomp(log2(alldata_naomit),scale = TRUE)
summary(mypr)
str(mypr)
mypr$x
PC1 <- mypr$x[,1]
PC2 <- mypr$x[,2]
pcat <- cbind(all_datawTnaomit,PC1,PC2)
ggplot(pcat,aes(x=PC1,y=PC2,col = `Time point`,fill = `Time point`)) +
stat_ellipse(geom = "polygon",col= "black",alpha =0.5)+
geom_point(shape=21,col="black")
您知道我也可以使用我的代码绘制PLS-DA吗?
谢谢!
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