如何解决如何在R中创建PLS-DA?
我如何更改PCA的波纹管代码以仅针对PLS-DA获得类似的图形?
library(ggplot2)
library(mixOmics)
library(ggforce)
all_datanoT <- cbind(amino,sphingo,hexose,phospha,lyso,cleaned_xl_Kopie)
all_datawT <- cbind(aminotnos,cleaned_xl_Kopie)
rownames(all_datawT) <- sample_id$`Sample Identification`
alldata_naomit <-na.omit(all_datanoT)
all_datawTnaomit <-na.omit(all_datawT)
mypr <- prcomp(log2(alldata_naomit),scale = TRUE)
summary(mypr)
str(mypr)
mypr$x
PC1 <- mypr$x[,1]
PC2 <- mypr$x[,2]
pcat <- cbind(all_datawTnaomit,PC1,PC2)
ggplot(pcat,aes(x=PC1,y=PC2,col = `Time point`,fill = `Time point`)) +
stat_ellipse(geom = "polygon",col= "black",alpha =0.5)+
geom_point(shape=21,col="black")
解决方法
使用plsr
软件包的pls
函数执行pls-da,而不是执行pca的prcomp
函数。请注意,对于pls-da,您需要提供Y参考数据作为因子,如果有两组以上,则需要将其作为矩阵提供。
然后,您可以根据需要绘制pls-da模型的得分,但是对于pls-da,我们通常绘制预测类与提供的参考类(Y)。
或者,您也可以使用mdatools
软件包并遵循此处提供的出色示例:https://mdatools.com/docs/pls-discriminant-analysis.html
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