如何解决如何创建使用2个数据集R中的数据的PCA绘图函数?
我正在R中创建PCA绘图函数,该函数使用来自2个数据集的数据:RNA数据和表型数据。 RNA数据包括ID,样品和值
ID样本1样本2样本3
和表型数据包含样本和年龄和细胞类型等因素
采样因子1因子2因子3因子4
我要创建的是一个自定义PCA图,该图使用数据作为PCA分数
PCA_plot <- function(data,phenotype){
datapca1 <-prcomp(scale(data[-1]),center = T,scale = T)
contributions<-summary(datapca1)$importance[2,]*100
#select the scores and plot them,including the contributions
dataScores12 <-data.frame(datapca1$x[,1:2])
ggplot(dataScores12,aes(x=PC1,y=PC2))+
geom_point(#I wanna group it by Phenotype$sample)+
theme_bw(base_size=16)+theme(legend.position = "bottom")+
xlab(paste("PC1",contributions[1],"%"))+
ylab(paste("PC2",contributions[2],"%"))
}
我想按Phenotype $ sample或Phenotype $ factor4对其进行分组,如何通过ggplot创建此函数? 预先谢谢你
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