1、使用gatk 对 排序后bam文件进行标记重复出现如下报错：
经过查询，是由于服务器对一次进程可以同时打开的文件数目有限制导致报错。
可以通过Linux系统打开文件最大数量限制设置解决。
2、查看并设置linux系统打开文件最大数目
ulimit -n
ulimit -n 10240
ulimit-n
由1024设置为10240
3、运行程序测试
没有再报错。
参考：http://blog.sina.com.cn/s/blog_b696e1010102x0q7.html
https://www.cnblogs.com/cjsblog/p/9367043.html
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